Le Sezioni territoriali sono state costituite al fine di acquisire, conservare e mettere a disposizione degli studiosi e degli studenti materiale archivistico e a stampa sull'attività sociale dei cattolici italiani nelle loro specifiche realtà territoriali, e di prendere iniziative scientifiche e culturali.

La Sezione di Trento, promossa nel 1975 da Sergio Zaninelli, e la Sezione di Lucca, promossa nel 1989 da Maria Eletta Martini, preso atto delle difficoltà gestionali ed operative sono state chiuse nel 2014, d’intesa con i responsabili locali. Il patrimonio di carte e libri della Sezione di Lucca sono stati trasferiti presso l’Archivio storico del movimento cattolico lucchese.

La Sezione di Brescia, costituita nel 1994 e diretta dal professor Mario Taccolini, si propone di svolgere attività di ricerca e studio sulla storia del movimento sociale cattolico a Brescia e nel suo territorio. La Sezione dispone dei fondi archivistici di Franco Salvi, Ottavio Cavalleri, Giacomo Attilio Bendiscioli, e di una biblioteca specializzata che conserva fonti periodiche  cittadine e provinciali e opere a stampa.
Gli interessi di ricerca della Sezione si sono indirizzati alla storia dell’azione sociale in area bresciana, alla presenza delle congregazioni religiose tra Otto e Novecento, alla cooperazione bianca e alle istituzioni e alle figure del cattolicesimo sociale locale.